Las nuevas directrices de la Iglesia son difundidas en Cataluña con la creación de nuevos seminarios. Se exige a los eclesiásticos un comportamiento más celoso y moralizante, así como una disciplina a la que algunos monasterios y capítulos de canónigos se resisten. Aunque en Cataluña no se registran núcleos protestantes, su situación fronteriza es considerada un peligro por Felipe II. Se extrema la represión contra cualquier conducta u opinión consideradas heterodoxas. La prohibición de estudiar en el extranjero, la censura de libros y la concesión de un nuevo protagonismo a la Inquisición son algunas de las medidas aplicadas.